Во второй половине XVII в., в период правления Фёдора Алексеевича, недовольство среди московских стрельцов росло всё сильнее. Казна была почти пустой, жалование выплачивалось нерегулярно, а старшие командиры часто злоупотребляли своим положением.
В мае 1682 года царь Фёдор Алексеевич скончался, не оставив прямого наследника. На престол претендовали два его брата — Иван и Пётр. Борьба расколола боярские роды: Милославские и Нарышкины. От того, кто займет трон, зависело, какой клан получит статус ближних бояр‑советников, распределяющих высшие должности и распоряжающихся казной. Боярская дума и патриарх поддержали Петра, и в апреле 1682 года он был провозглашён царём.
Умная и энергичная царевна‑регент Софья из рода Милославских решила изменить расклад в свою пользу. Милославские начали сеять среди стрельцов смуту, распространяя слухи о том, что при Нарышкиных их ждут новые притеснения и лишения. Стрельцы начали тревожиться, случаи неповиновения возросли.
25 мая 1682 года стрелецкое войско ворвалось в Кремль, захватив его. Члены царской семьи стали заложниками мятежников, а Нарышкин был предан пытке и казнён. Формально царём оставался малолетний Пётр, а регентшей — царица Наталья Кирилловна, но реального правительства уже не существовало: родственники и сторонники были либо перебиты, либо скрылись из Москвы. Такое положение продлилось до 1689 года.
Стрельцы стали фактическими хозяевами власти, диктуя правительству свои требования: увеличение льгот и регулярную выплату жалования. Во главе восстания стоял князь Хованский, начальник Стрелецкого приказа, который стремился вернуть утраченные привилегии боярской аристократии.
Однако правительство Софьи, опирающееся на поддержку дворянства и переходящее к регулярной армии, воспринимало стрелецкую категорию как устаревшую. В сентябре 1682 года князь Хованский и его сын Андрей были схвачены и казнены. Постепенно стрелецкое войско теряло не только прежние привилегии, но и средства к существованию.
Смута не утихла сразу. Её новая вспышка заставила Ивана, Петра и Наталью Кирилловну временно укрыться в Троице‑Сергиевой Лавре. Патриарх Иоаким стал посредником, пытаясь успокоить «расходившихся» стрельцов. По его ходатайству бунтовщики были прощены, и в ноябре 1682 года царский двор вернулся в Москву.
Таким образом, восстание 1682‑1689 гг. ознаменовало конец эпохи стрелецкого войска как самостоятельной силовой структуры и подготовило почву для реформ, которые радикально изменили вооружённый потенциал России.
